Международный секретариат ИПДО располагается в Осло. Он официально начал свою работу в сентябре 2007 г. Спонсором Секретариата выступает правительство Норвегии, но он представляет собой независимый орган, подчиняющийся только Правлению ИПДО. Начальник Секретариата руководит персоналом, в число которого входят четыре региональных директора, менеджер по информированию, исполнительный секретарь и офис-менеджер.

Секретариат несет ответственность за претворение в жизнь решений Правления ИПДО по политике и координацию действий по внедрению ИПДО, предпринимаемых во всех странах мира. В частности, его функции включают: работу с широким кругом заинтересованных сторон, информирование заинтересованных сторон и донесение до них сделанных выводов, руководство информационным центром по управлению доходами и прозрачности, а также надзор над процессом санкционирования. Совместно с поддерживающими и внедряющими странами Секретариат организует Конференцию ИПДО, которая проводится раз в два года.

Важная роль Секретариата - обеспечение внедрения. Хотя внедрение входит в сферу ответственности местных заинтересованных в ИПДО сторон, Секретариат стремится к тому, чтобы обеспечивать координацию усилий между поддерживающими странами и содействующими сторонами, такими, как Всемирный банк, Африканский банк развития или двусторонние спонсоры. Секретариат внимательно следит за внедрением ИПДО в странах и изучает выводы, сделанные в процессе санкционирования, с целью направления и информирования процессов ИПДО в странах.

Наконец, будучи платформой для обмена опытом и информацией, Секретариат поощряет постоянный диалог и сотрудничество со всеми партнерами.